李来亨设计的这套新编制，相比于李自成的五营军制和明清时期的一般军制，最大的不同就在于轻指挥而重部队。
明清时期军队的一大特点，就是上至督抚、下至游击守备，每一级将领都要把最精锐的经制兵或者家丁私兵攥在手中作为中军使用。
这种做法的结果就是中军、亲军兵力强大，而基干部队编制则成为了空架子。在指挥的时候，又会导致各自为战、不能如臂指使的情况。
像明军，在数百人、数千人的战斗规模中，往往可以取得相当亮眼的战绩。像是在松锦大战的时候，明军在小规模战斗中往往可以压倒八旗兵，可是当战斗规模扩大到上万人、数万人、十数万人规模的时候，就会一败涂地。
这一方面是明朝体制中武官升迁的顶峰就是总兵官一级，而总兵官至多能够指挥万人级别的战术兵团。再往上，能够指挥数万人、十数万人规模战略兵团的就只有督抚文臣，这些督抚文臣欠缺大型战役的兵团组织能力，手中控制的督标、抚标又不足以彻底压倒总兵们手中的家丁，结果往往形成各自为战的情况，很容易便被清军击破。
闯军本身缺乏高级文人的投效，兵团级指挥官当然全部都是由武将出任。但基于制度惯性，李自成制订的军制依旧是强调将领的亲军而忽略基干部队，这种做法既是明清军队本身封建性的一种反应，也反过来将会强化将领和士兵间的人身依附关系。
军队的近代性，不仅反应在军队的装备和技战术方面，而更多反应在组织和编制方面，但这又是往往被人们所轻忽的问题。
不过轻指挥而重部队的编制，还需要一整套的配套制度来一起运行，不然李来亨没有握有一支强大的亲军，岂非成为光杆司令？
他的做法是由指挥中枢统一掌握招兵、训练和后勤之责：
后勤不用多说了，白旺的营田使系统、白鸠鹤和张玉衡的支度使系统，已经把财政集中到了帅府；
征兵问题，则是严格禁止各级将领自行招募士兵，而在帅府专门设置招练使（这个职务李来亨是打算安排随营学堂的保定兵教员李破虏出任），由招练使统一征兵、统一训练以后，再把新兵分配、补充到各支部队中。
谷可成是闯军元老，又带来数百骨干，李来亨不可能让他屈居于高一功、郭君镇等人之下。正好李来亨也想要将自带部曲的高一功、白旺两部彻底消化掉，所以他便决定白旺继续担任都营田使，脱离一线部队，由高一功和谷可成两人担任左右果毅将军。
高一功自己的部曲路应标、冯养珠两支兵马，则从高一功的亲军中抽出，由招练使补齐兵力以后，设置为前营的第三和第四个步兵标。
李来亨自己信手疾书下一份更为直观的编制表，又把帅府的各级属官也添加进去，总体如下：
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奉天倡义营湖广节度使/前营制将军：李来亨
帅府属官：掌书记方以仁、都营田使白旺、支度使白鸠鹤、支度副使张玉衡、招练使李破虏、恳德记总掌柜萧维崧、红队管队严薪
湖广节度副使：高一功
左右果毅将军：高一功、谷可成
四个步兵标：郭君镇、苗里琛、路应标、冯养珠
三个骑兵标：郝摇旗、艾卓、马宝
一个炮兵标：李世威
一个亲兵标：张皮绠
总兵力约二万人。
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为了推行由招练使负责的统一征兵、训练体制，闯军的行政骨干缺口就更大了。李来亨忙得焦头烂额，一天里大半时间都泡在随营学堂，所以他对谷可成带来的这数百闯军骨干，才感到如久旱逢甘霖，一下子缓解了自己的许多困难。
毕竟统一征兵体制，绝非一声令下，就能完成改制。它要求闯军将自己的行政触手下沉到乡镇村墟一级的基层当中，这样才能有效汲取地方上的人力资源。
为了方便推行新的统一征兵体制，李来亨是将它和营庄制捆绑起来推行的：
第一点，裁撤明朝原来独立于省府州县以外的卫所体系，使地方行政系统一元化，让营田管理系统与地方行政系统逐步融合为一（当然现阶段还存在极大的军管色彩）。明朝的卫所军制早已腐朽不堪，成为了拖累行政效率的一种负面资源，将其彻底裁撤，减少行政管理的层级，既便于推行营庄新法，也便于进行统一的征兵管理；
第二点，划分征兵军区，营庄新法的推行已经大大强化了闯军对湖广地方的控制力，而且“营庄”本身已经在自然村的基础上区划出了比县级更基层的行政管理区划，征兵军区可以直接沿用营庄的行政区划；
第三点，统一后勤，提高士兵待遇。士兵的具体生活待遇，李来亨是同方以仁还有闯军许多老兵老将，一起协商了很长时间才暂时定下一个标准：士兵每月口粮为米三斗、生活津贴为银一两，家属每月口粮米一斗半、生活津贴为银五钱，骑兵和炮兵还有另外的专门费用。
征兵新法和营庄改制同时推行，闯军在财政和人员方面都面临着空前的压力，光是一年的粮饷支出估计就要有十万石之多。
所以李来亨才急匆匆用“公私合营”，来从黄麻士绅身上再剥一笔钱出来。
“夹袋无人啊，即便谷可成带来几百骨干来帮忙。可是营田使系统、招练使系统，都要吃掉一大堆人。这边闯军还要扩军到二万人，各级将领又很吃紧，到处都缺少人手，就算把一个人拆成三瓣使用，都嫌不够啊！”
李来亨心烦气闷，他让张皮绠去把方以仁叫来，自己手下可以商讨事宜的筹划之士数量确实过少。
为了便于帅府的办公，帅府属官大都居住在这附近，所以没一会儿的时间，方以仁便匆匆赶了过来。李来亨叫他入座，先喝了两口茶，才问道：“乐山，闯军连连扩军，粮秣饷银方面压力大不大？我们总要量力而行。”
粮秣饷银这些具体事务主要是由都营田使白旺、支度使白鸠鹤、支度副使张玉衡三人负责，但是方以仁作为执掌机要的掌书记，对各方面的情况也都了然于胸，所以他马上就能井井有条地为李来亨分析了前营各部的后勤状况。
“禀告府主，各部粮饷尚不缺少。现在最大的问题，一是铳炮、盔甲制造之费居高难下，支度使所辖的百工衙和军器院都很缺少有经验的工匠，刀枪盔甲还好一点，鸟铳、火炮的制造就特别困难。”
“咱们还是草台班子，到处都缺人，只能先咬牙应付一阵子。”
李来亨一想到干部问题就头痛欲裂，现在闯军摊子铺得太大，营田系统、征兵系统、军队系统，哪里都缺人。相比较营田、征兵、军队的重要性，装备制造这块只能往后排一排，所以人力资源的缺口也就最大。
他之前还曾经指示过白鸠鹤，要求军器院优先把红夷炮和鸟铳仿制出来，好推行闯军武器的标准化。沈庄军曾经从广东那边采购来一批自生火铳，也就是燧发枪，李来亨原先还想仿制自生火铳，但技术难度太大，只好先退一步。
可是现在看来，军器仿制问题重重，最大的问题就是人手不足。
方以仁接着说：“除了军器问题外，第二点问题就是水利之事。”
“水利之事？”李来亨挥挥手，连连摇头道，“我自然知道湖广水网密布，水利对于农耕的重要性。可现在丁启睿、左良玉即将回楚，哪里有多余的精力去兴建水利？乐山，你怎么这样分不清楚轻重？这种事情只能先往后放一放呀。”
方以仁苦笑道：“府主有所不知，近年来湖广一带本就多有旱涝之灾。每到二三月间，长江冰雪消融，水位都会大大升高，眼看春汛在即，我们若不多做准备，恐怕这段时间来对德安府、黄州府的经营，都会被洪水冲成白地。”
啊！
春汛洪水……李来亨心中痛骂自己怎么会忘了这么一件事，湖广还算好，但是黄河啊黄河，河南的桃花汛可比湖广这边严重多了。
现在汪乔年败死、左良玉兵败回楚，河南只剩下开封一座孤城。如果开封督抚，按捺不住，利用桃花汛决堤灌水，闯军主力很有可能遭受重大损失。
更糟糕的是，如果开封督抚向后世历史上那样成功决堤，把河南变成黄泛区，那中原闯军在河南的经营就将全部成为泡影，李自成也只能南下湖广就食。
于公来说，李来亨不可能坐视闯军因桃花汛遭遇重大损失，使得开封被洪水淹没；于私来说，如果河南糜烂成黄泛区，闯军全部到湖广就食，李来亨也难以供给。
他心中大急，立刻便叫来谷可成，让他派人返回河南，一定要提醒李自成，万万小心开封官绅在狗急跳墙之下，挖开黄河大堤，将河南化为黄泛区。