雍正五年，雍正帝准备对准噶尔部落用兵，雍正七年，雍正用岳钟琪为宁远大将军，出兵西路，傅尔丹为靖边大将军，出兵北路，进军征伐。
但是到了前线连吃败仗，雍正帝囚禁了岳钟琪，屡换北路军营将帅。到后来双方都打不下去了，开始谈判。雍正帝消灭对方的目的没有达到，追究原因，雍正帝、岳钟琪、傅尔丹等人轻敌骄满是重要的因素。
与西北用兵相配合，雍正帝设立了军机处，协助他处理军务。军机处设有军机大臣，雍正帝从大学士、尚书、侍郎以及亲贵中指定充任，如怡亲王胤祥、大学士张廷玉、户部尚书蒋廷锡、大学士鄂尔泰等，都是以亲重大臣兼任军机大臣。
还有军机章京，由内阁、翰林院、六部、理藩院等衙门官员中选充。所有这些人都是兼职，他们的升转仍然在原衙门进行。因此军机处设立之初，无专官。军机处没有正式的衙署，有值班房，在隆宗门内，靠近雍正帝寝宫养心殿，以便于军机大臣被召见议事。无专官，无衙署，就使军机处成为一种特殊的机构。
满清南侵以来，对中原民族不但在军事上给予残酷的杀戮，而且在经济上大肆掠夺破坏，尤有远见的是大量炮制文字狱，大搞文字压迫。早在清军入关不久，清廷就开始了对中华文化的压迫与摧残。
顺治二年，江阴人黄毓祺被告发写有诗句：“纵使逆天成底事，倒行日暮不知还。”被指为反清复明，抄家灭门戮尸，儿女发配给旗人为奴。
顺治四年，广东和尚释函可身携带一本纪录抗清志士悲壮事迹的史稿《变记》，被南京城门的清兵查获，在严刑折磨一年后，以私撰逆书的罪名流放沈阳。
次年又有毛重倬等坊刻制艺序案，毛重倬为坊刻制艺所写的序文不写顺治的年号，被大学士刚林认为是目无本朝，是目无正统的不赦之条。由此清廷规定最早的言论审查专制。
跟之后的雍正、乾隆两朝相比，康熙朝的文字狱还不算非常严重，但是也杀戮了大批的文人。从庄廷鑨明史案说起，明熹宗天启朝内阁首辅朱国祯受到魏忠贤的排挤，告病回到老家浙江乌程，编了一本《皇明史概》并刊行，未刊的稿本有《列朝诸臣传》。
明朝灭亡后，浙江湖州有个叫庄廷鑨的富户，他是个盲人，他也想搞一部传世史作。但是他自己并不通晓史事，于是出钱从朱国祯后人处买了史稿，并延揽江南一带有志于纂修明史的才子，补写崇祯朝和南明的史事。
在叙及南明史事时，仍尊奉明朝年号，不承认清朝的正统，还提到了明末建州女真的事，直写努尔哈赤的名字，写明将李成梁杀死努尔哈赤的父祖，斥骂降清的尚可喜、耿仲明为尚贼、耿贼，写清军入关用了夷寇等，这些都是清廷极为忌讳的。
这部《明史辑略》刊刻后，起初并无事，只因为几年后几个无耻的小人，想去敲诈庄家，才惹出事来。当时主事者庄廷鑨已经死去多年，庄父仗着有钱买通官府将敲诈者一一顶回。不料一个叫作吴之荣的小官一怒之下告到了北京。鳌拜等人对此大感兴趣，颁旨严究。
于是与庄氏《明史》有关连的人大祸临头。康熙二年在山水秀丽的杭州城，清军将《明史》案一干人犯七十多人，为《明史》写序的、校对的，甚至卖书的、买书的、刻字印刷的以及当地官吏，在弼教坊同时或凌迟、或杖毙、或绞死，一时血溅人间天堂。主犯庄廷鑨依大逆之罪剖棺戮尸，另外有数百人受牵连发配充军。
明史案开了以逆书索赂的恶劣先河。一些恶棍效法吴之荣，去挑别人书文中的纰漏，牵强附会，指为逆书，漫天敲诈。如孙奇逢所编的《甲申大难录》被人控告是纪念亡明，孙奇逢因此被押进京入狱，经人营救方才出狱。后来竟然发展到歹徒们索性自制逆书，想敲诈谁就把谁的名字列上。
要数沈天甫、夏麟奇、吕中等人胆子最大、心最黑。他们刻印一本诗集，假托为陈济生所编，书中作者为大江南北名士巨室七百多名。康熙六年沈天甫到内阁中书吴元莱家索银两千两被拒绝，于是将此书检举报官，经刑部审理后真相大白，沈天甫四人被斩于西市。
康熙五年，山东发生了黄培诗案。黄培是山东即墨人，明末官至锦衣卫都指挥使，明灭亡后，隐居在家。曾经接济过于七农民起义军，所作诗如“一自蕉符纷海上，更无日月照山东”、“杀尽楼兰未肯归，还将铁骑人金徽”、“平沙一望无烟火，唯见哀鸿自北飞”，反映出黄培反清的民族思想，他还和一帮同道之人结为大社。
告黄培的人是他家世奴家仆黄宽之孙黄元衡。黄元衡本姓姜，在他考中进士、当上翰林后，为了归宗还姓，解除与黄家的主仆名分，就向官府控告黄家私下刻印并收藏有悖逆的诗文书籍等。因此黄培等十四人被捕入狱，皆被处斩。
姜元衡还嫌不够，又伙同恶人上了一道《南北通逆》的禀文，指控顾炎武等故明废臣和对清廷怀有二心的人，南北之间的通信，不是在密谋造反，就是诽谤朝廷。
在这份居心叵测的禀文之中，姜元衡点了约三百人的名字，企图制造一件大案。此案果然被弄到奉旨办理的地步，山东总督、巡抚也亲自过问。顾炎武为此被囚禁了近七个月，经朱彝尊等人四处营救才出狱。
康熙十九年，发生了朱方旦中补说案。朱方旦是个名医，他发现了脑才是思想的中枢，而不是传统医学认定的心。此说一发表，引起医学界极大的震撼，群起挞伐，最后他以妖言惑众之罪处斩，所有的著作一律焚毁。他还有不少医学著作，如《中质秘录》，在这部书中会有多少超越西方医学的发现，也已经无从得知。
康熙帝虽然对科学有兴趣，却也最恨他，力主一定要斩首。当时顺承郡王勒尔锦十分的尊敬朱方旦，因此极力营救，康熙帝便先革了勒尔锦，再下诏杀死朱方旦。明朝中叶以来的文艺和科技复兴，就被这一系列的文字狱扼杀中断了。
后来翰林院编修戴名世对清廷随意篡改明朝历史甚感愤慨，他透过访问明朝遗老和参考文字数据写了一本记录明末历史的《南山集》。康熙五十年，书印出十年后被人告发，因为书中用南明年号并涉及多尔衮不轨之事，康熙帝十分的震怒，下旨将戴名世凌迟处死，戴氏家族凡男子十六岁以上的立斩，女子及十五岁以下的男子，发给满清功臣家作为奴仆。
同乡方孝标曾提供参考数据《黔贵记事》，也和戴名世同样治罪；戴氏同族人有职衔者，一律革去；给《南山集》作序的汪灏、方苞、王源等人处斩刑；给《南山集》捐款刊印出版的方正玉、尤云鹗等人及他们的妻、子，发宁古塔充军。由于《南山集》受到牵连的有三百多人，后来康熙帝故作慈悲，改戴名世凌迟为斩刑，本来应处斩刑的人如戴家、方家都流放黑龙江，方孝标已死，但仍然被发棺戮尸。
康熙五十三年，民间有说唱艺人徐转，用说唱的方法写历史。这本来是一代的创举，但是康熙帝认为他亵渎历史，就将徐转问斩了。
雍正朝的文字狱始自年羹尧案。年羹尧是汉军镶黄旗人，进士出身而有用兵之才，在川藏一带平叛屡建功勋，康熙末年授定西将军、兼理川陕总督，一意依附当时还是雍亲王的胤禛。胤禛继位之后，年羹尧备受他的宠信，累授川陕总督、太保、抚远大将军，爵封一等公。年羹尧又因为妹妹是雍正的妃子，开始居功自傲，雍正早就想杀一儆百，只是苦于没有借口。
雍正三年二月，出现了日月合璧，五星联珠的天文奇观，臣僚上表称贺，雍正特别注意年羹尧的奏表，并找到了毛病，一是字体僚草，二是将成语朝干夕惕写成了夕惕朝干，此语意为终日勤慎，就是写倒了意思也不变。
雍正可不管这些，认为年羹尧居功藐上，心怀不轨，那些对年羹尧有怨怼的人见皇上带了头，便群起而攻之，于是年羹尧被劾成九十二条大罪。雍正命令年羹尧自裁，亲族、同党或斩首或流放或贬谪，凡是与他有一丝牵连的人统统受到处罚。
年羹尧死后七天，汪景祺斩首示众，即汪景祺西征随笔案。汪景祺，浙江杭州人，雍正初年，他的朋友胡期恒担任陕西布政使，是他上司年羹尧的心腹。汪景祺前往探访，乘机投书谒见年羹尧，做了年羹尧的临时幕客。汪景祺这次西游着有《读书堂西征随笔》二卷，献给年羹尧收藏。年羹尧得罪抄家，《西征随笔》被缴进宫中。
雍正读后咬牙切齿地在首页题字：“悖谬狂乱，至此至极！可惜见到此书已晚，留以等待到他日，使此种不得为漏网之鱼。”
大约是随笔提及狡兔死，走狗烹，本是提醒年羹尧。雍正因此愤恨，但是又要表现自己孝道，处罪谕旨只称汪景祺作诗讥笑圣祖仁皇帝，大逆不道。于是汪景祺被定罪处斩，枭首示众，他的头骨在北京菜市口枭示了十年。妻子儿女发配黑龙江给满洲军士为奴；兄弟叔侄辈流放宁古塔；疏远亲族凡在官的都革职，交原籍地方官管束。由于牵累的人多，汪景祺侨居的平湖县城甚至传出屠城的谣言，居民惊惶逃窜。
与年羹尧有牵连的还有钱名世名教罪人案。钱名世字亮工，江苏武进人，与年羹尧是乡试同年，因此而有交谊。雍正二年，权势赫赫的年羹尧进京觐见，钱名世赠诗谀颂，有“分陕旌旗周召伯，从天鼓角汉将军”、“钟鼎名勒山河誓，番藏宜刊第二碑”等诗句。
年羹尧受诛，钱名世当然在劫难闻逃。雍正给他加的罪名是曲尽谄媚，颂扬奸恶。但没有杀他，只是把他革职逐回原籍，却又御书名教罪人四字，命钱名世原籍地方官制成匾额，挂在钱家中堂上。
雍正什么酷刑都想得出，奇耻大辱的名教罪人四字不但使钱名世无脸做人，而且使他的子子孙孙都抬不起头。雍正还命令常州知府、武进知县每月初一、十五去钱家查看匾额悬挂情形，如未悬挂则呈报巡抚奏明治罪。
这还不够，当钱名世离京时候，雍正又命令京官自大学士、九卿以下都作讽刺诗为钱名世赠行，结果共有三百八十五人奉诏作诗。雍正一一过目后，交付钱名世辑成专集，题为《名教罪人诗》，刊印后颁发全国学校，让天下士子人人知晓。讽刺诗作得够味的给予表扬，不够味的给予处分。
正詹事陈万策诗中有句：“名世已同名世罪，亮工不异亮工奸。”措意尖刻，造句新巧，得到雍正的夸奖。而翰林侍读吴孝登则因为诗句谬妄，被发配宁古塔给披甲人为奴。作诗的人当中，有叫查嗣庭的，他批判钱名世百年遗臭辱簪缨；有叫谢济世的，他批判钱名世自古奸谀终败露；但是不久，他们就跟着遭殃，亡国奴做猪做狗，仍然不免挨噬。