明成祖永乐时期武功昌盛，收复了安南设置交趾布政司，朱棣又亲自率领军队五征漠北攻打北元分裂后的鞑靼与瓦剌。朱棣册封瓦剌三王，使他们与鞑靼对立，看见瓦剌有中兴的趋势，又帮助鞑靼讨伐瓦剌，不让任何一方的势力独大。
同时授予兀良哈蒙古的朵颜、泰宁和福余三个卫所的自治权，朱棣还对兀良哈蒙古进行了镇压，以维持这一个地区的稳定。朱棣安抚了东北女真各部落，在归附的建州女真、海西女真设置了卫所，并派亦失哈安抚位于黑龙江下游的野人女真。亦失哈在混同江庙街的对岸塔林设置了奴儿干都司，扩大了明朝的东部的疆域，亦失哈视察了库页岛，宣示明朝对此地的主权。
朱棣实行积极的外交策略，派郑和下西洋，与各国进行政治经济的往来，增加财政收入的同时将朝贡制度推向了巅峰。舰队的规模是空前的庞大，最远到达东非索马里地区，扩大明朝对南洋、西洋各国的影响力。
文治方面，朱棣令人编修百科全书《永乐大典》，解缙率领三千个文人在三年时间内即告完成。《永乐大典》有二万二千八百七十七卷，字数约有三亿七千多万字。
朱棣将北平改名北京，设立北平国子监等衙门，朱棣公布了迁都的想法，来年开始大规模营造北京，宣告完工，并在来年迁都。永乐年间天下大治，并且大力开拓海外的交流，这段时期被称为永乐盛世。
朱棣对异议者的强力镇压，如黄子澄、齐泰等建文帝的旧臣等人都被杀。其中以方孝孺的诛十族和景清的瓜蔓抄最为惨烈。还恢复了明太祖时期后来被废除的锦衣卫，另外他还设置了另外一个特务组织东厂。
景清本姓耿，是建文朝的御史大夫。建文元年，燕王朱棣发动靖难之变，攻入南京后称帝，是为明成祖。忠于建文帝的官员大批被杀，景清欲为建文帝报仇，假意归顺成祖，由于成祖本来就与景清有交情，还大喜说道：“景清是我的老朋友啊。”让景清担任原官职。
有一天早朝时，朱棣忽然发现他穿上了重大庆典时专用的大红朝服。朱棣觉得那刺目的红色十分的诡异，便命人搜身，果然从景清身上搜出一把匕首。
朱棣问他为何行刺，景清大喊着要为故主报仇，并且骂声不断。朱棣大怒，命人将他牙齿全部打落，景清将一口血水喷上殿，溅满了朱棣的龙袍。朱棣盛怒之下命人剥了他的皮，并将他系在长安门上一寸寸剐下他的肉，最后又敲碎他的骨头。随后朱棣仍不解恨，便发明出了中国历史上著名的瓜蔓抄，即赤其族，籍其乡，转相攀染，村里为墟。
朱棣登基时，命令忠于皇室的方孝孺起草即位诏书。方孝孺不但宁死不从，更予以辱骂，于诏书上写上燕贼篡位四个字。朱棣怒以诛九族为威胁，方孝孺大义凛然，讪笑似地说：“便诛我十族又奈我如何？”
朱棣便把他的门生朋友归入第十族，连同原来九族一并诛杀。最终共诛杀了八百七十三人，因为此事下狱及被流放、充军的人数以千计，此为中国历史上唯一的十族之诛。
然而瓜蔓抄更是可怕，十族之诛尚有一个明确的打击范围，而瓜蔓抄则是没有边际的株连。景清家乡的居民最后全部被杀光，家乡的村落变成废墟，而凡是跟景清有任何辗转相系关系的人都受到株连。
明朝锦衣卫的前身为拱卫司和亲军都尉府，洪武十五年，明太祖朱元璋心血来潮，改称为锦衣卫，设置南北两个镇抚司。作为皇帝的私人卫队，锦衣卫既要保护皇帝、负责仪仗，又要刺探情报、铲除间谍，还要执法执纪、监视文武百官，盗贼奸宄，街涂沟洫，密缉而时省之，锦衣卫一时很风光。
锦衣卫虽然厉害，但是明成祖朱棣上台后，总觉得心里不踏实，毕竟他是靠篡权登位的，反对势力仍然不少，巩固帝位是第一要务。为此，永乐十八年，朱棣开始设置东厂，命中官剌事。东厂是东缉事厂的简称，首领由朱棣信得过的太监担任，不少精干的锦衣卫也被选入东厂担任下属官员和业务骨干。
相对于锦衣卫，东厂职能为访谋逆妖言大奸恶等，名义上虽然与锦衣卫均权势，但是东厂除了兼有锦衣卫的职能，他的侦缉范围更广、行动更严密，还可无需奏章直接向皇帝汇报。后来东厂有了监狱，权力更大，皇帝一旦听到风吹草动，百官的问题可由锦衣卫负责查办，皇亲宗室的问题则让东厂查办。除了查办大案要案，东厂还有一个职责，即是监视锦衣卫，凌驾于锦衣卫之上。
从朱棣时代一直到明朝中后期，东厂掌握大权，直到西厂出现，西厂的设置，完全是个偶然。成化十二年，一个名叫李子龙的大臣竟然轻松地闯进了内宫深院，这让明宪宗心里很不踏实，认为皇宫内外有秘密管道。为了加强特务统治，明宪宗于次年在东厂之外增设西缉事厂，简称西厂，首领由大太监汪直担任，另外从锦衣卫选拔厂员。
虽然与东厂、锦衣卫合称厂卫，但是西厂的权力超过东厂，侦缉范围自京师遍及全国。西厂不仅兼有锦衣卫、东厂的职能，还设有自己的监狱和法庭，在不向皇帝奏请的情况下，可以随意逮捕、拷问、审讯文武大臣，地方官员和普通百姓也在他的监视范围之内，肆无忌惮。同时西厂还有一项职能，即是监视东厂，权焰出于东厂上。五个月后，因为朝野反对声此起彼伏，明宪宗被迫撤销西厂。
明武宗时期，皇帝朱厚照是个玩家，不理朝政，是个坐皇帝；大太监刘瑾专权，被称作立皇帝。朱厚照很有个性、听不得臣民谏言，为此于正德元年重设西厂。当时东厂由马永成掌管，西厂由谷大用掌管，二人皆属于八虎，深得明武宗的宠信。
刘瑾虽然是八虎之首，但是内部勾心斗角，争权夺利，各不相让，互相拆台，刘瑾便与马永成、谷大用等人有了矛盾。为了巩固自己的老大地位，正德三年，刘瑾矫诏立内厂，刘瑾率领，与东厂、西厂缉事人四出，道路惶惧，瑾复立内行厂。
内行厂与东厂、西厂、锦衣卫合称厂卫，但是刘瑾身为司礼监太监，又是不可一世的立皇帝，由他掌管内行厂，内行厂的规格和权势自然高过西厂、东厂和锦衣卫。相比于其他厂卫，内行厂的机构更大、特务更多、制度更严、侦缉范围更广，除了监视天下臣民外，东厂和西厂也在他的监管之例，虽东西厂皆在伺察中，加酷烈焉，内行厂成为脚踩东厂西厂的厂上之厂。
除了可督察、指挥其余的厂卫，内行厂还有权侦知天子以下的任何臣民的行踪，是明朝最大的特务机关。可以说从锦衣卫、东厂、西厂到内行厂，四者后来居上，四者中以内行厂出现最晚，但他的权势地位却凌驾于其他三个厂卫之上。内行厂的酷刑很厉害，当时刘瑾为了把持朝政，对反对势力极其严酷，罪无轻重皆决杖，永远戍边，或枷项发遣，枷重至百五十斤，不数日辄死。
一百五十斤的大枷抗在肩头，一点一点地将人慢慢折磨而死，这比杖刑、砍头、凌迟处决之刑更加惨绝人寰。数年之中，官吏军民非法死者数千人，人人谈到内行厂而色变，多行不义必自毙。
正德五年，刘瑾因谋反被处死，刘瑾被杀后，西厂、内行厂都被废除，只留下了东厂。内行厂只存在了二年，但它把特务的嚣张狠毒演绎到了极致，也给明朝臣民带来了深重灾难。